Ivet Bahar
1957, Istanbul —
Ivet Bahar (1957-), Turk-Amerikan hesaplamali biyolog ve biyofizikcidir. Istanbul'da dogmus, Bogazici Universitesi'nde kimya muhendisligi egitimi almis, ardindan ayni universitede doktorasini tamamlamistir. Protein dinamigi alaninda calismalariyla taninan Bahar, ozellikle Gauss Ag Modeli (GNM) ve Anizotropik Ag Modeli (ANM) gibi kaba taneli yaklasimlarla biyomolekuler sistemlerin hareketlerini anlamada devrim niteliginde katkilar yapmistir. 2001 yilindan bu yana Pittsburgh Universitesi'nde gorev yapmakta olup, hesaplamali biyoloji alaninda dunya capinda oncu bir arastirmaci olarak kabul edilmektedir. 2015 yilinda ABD Ulusal Bilimler Akademisi'ne uye secilmistir.
Ivet Bahar, 1957 yilinda Istanbul'da dunyaya geldi. Bogazici Universitesi Kimya Muhendisligi Bolumu'nden lisans derecesini aldi. Ardindan ayni universitede polimer fizikokinetigi uzerine doktora calismasini tamamladi. Erken kariyer doneminde Istanbul'da akademik calismalarini surdurerken, polimer termodinamigi ve istatistiksel mekanik alanlarinda uzmanlasiyor, bu alanlardaki bilgi birikimini biyolojik makromolekulere uygulamaya basliyordu.
Bahar'in bilimsel kariyerindeki en onemli donum noktasi, proteinlerin dinamik davranislarini basitleștirilmis fiziksel modellerle aciklamaya yonelik calismalarindan dogmustur. 1997 yilinda gelistirdigi Gauss Ag Modeli (Gaussian Network Model, GNM), proteinlerin uc boyutlu yapilarindaki termal dalgalanmalari elastik ag teorisi cercevesinde modelleyen bir yaklasimdir. Bu model, proteinlerin kristalografik B-faktorlerini ve NMR verilerini basarili bicimde yeniden uretebilmesi nedeniyle buyuk yanki uyandirdi. GNM, her amino asidi tek bir dugum noktasi olarak temsil eden ve komsu dugumler arasindaki etkilesimleri yaylarla tanimlayan kaba taneli bir yaklasimdir.
1999-2001 yillari arasinda Bahar, GNM'yi genisleterek Anizotropik Ag Modeli'ni (ANM) gelistirdi. ANM, proteinlerin yalnizca dalgalanma genliklerini degil, ayni zamanda hareket yonlerini de tahmin edebilen bir modeldir. Bu iki model birlikte, biyomolekuler normal mod analizi alaninda standart araclar haline geldi ve dunyada binlerce arastirmaci tarafindan kullanilmaktadir.
Bahar, 2001 yilinda Pittsburgh Universitesi Hesaplamali ve Sistem Biyolojisi Bolumu'ne katildi. 2012 yilinda bu bolumun baskanligi gorevini ustlendi. Ayni zamanda John K. Vries Kursulu Profesorlugu unvanina layik goruldu. Pittsburgh'da kurdugu laboratuvarda protein alosterisi, ilac-hedef etkilesimleri, membran proteinlerinin dinamigi ve biyolojik ag analizi gibi konularda genis kapsamli arastirmalar yurutmektedir.
Bahar'in gelistirdigi iGNM, ANM web sunucusu ve ProDy yazilim kutuphanesi, yapisal biyoloji ve ilac tasarimi alanlarinda yaygin olarak kullanilmaktadir. Bu araclar, deneysel olarak elde edilen protein yapilarindan hareketle fonksiyonel hareketleri tahmin etmekte ve ilac gelistirme sureclerinde hedef validasyonuna katki saglamaktadir.
2015 yilinda ABD Ulusal Bilimler Akademisi'ne (NAS) uye secilen Bahar, bu onura erisebilen az sayida Turkiye kokenli bilim insanindan biridir. Ayrica Amerikan Fizik Dernegi (APS) ve Biyofizik Dernegi'nin (Biophysical Society) seckin uyesidir. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics dergisinin bas editorlugunu uzun yillar yurutmustur.
Bahar, 600'u askin bilimsel makale yayimlamis olup, bu makalelere yapilan toplam atif sayisi on binleri asmaktadir. Ozellikle elastik ag modelleri ve normal mod analizi uzerine yayimlanan calismalari, yapisal biyoloji ve biyoinformatik alanlarinin temel referanslari arasinda yer almaktadir. Hesaplamali biyolojinin Turkiye'deki gelisimine de katki saglayan Bahar, Bogazici Universitesi ve diger Turk universiteleriyle isbirliklerini surdurmektedir.
Eğitim Hayatı
Kariyer Kronolojisi
Yayınevleri
Üretim Dönemleri
Erken Kariyer ve Polimer Donemi
Polimer termodinamigi ve biyomolekuler modelleme uzerine temel arastirmalar.
Elastik Ag Modelleri ve Yogun Yayin Donemi
GNM, ANM ve normal mod analizi uzerine cigiracici yayinlar. Alanin standart referanslarinin olusturulmasi.
Olgunluk ve Liderlik Donemi
Bolum baskanligi, editoryal liderlik, ilac tasarimi ve alosterikte hesaplamali yontemler. NAS uyeligi.
Düşünsel Çizgi
Ivet Bahar, proteinlerin uc boyutlu yapilarindaki dinamik hareketleri anlamak icin kaba taneli elastik ag modellerini gelistiren oncü bir hesaplamali biyologdur. Gauss Ag Modeli (GNM) ve Anizotropik Ag Modeli (ANM) ile protein dalgalanmalarini ve fonksiyonel hareketlerini basit ama guclu fiziksel modellerle aciklamayi basarmistir. Bu modeller, yapisal biyoloji ve ilac tasarimi alanlarinda standart araclar haline gelmis olup, dunyada binlerce arastirmaci tarafindan kullanilmaktadir. Bahar'in calismalari, proteomik verilerden fonksiyonel bilgi cikarilmasinda hesaplamali yaklasimlarin gucunu gostermektedir.
Polimer Fizikokinetigi Donemi (1980-1995)
1980–1995Bogazici Universitesi'nde polimer termodinamigi ve istatistiksel mekanik uzerine calismalar. Biyolojik makromoleküllere fiziksel modelleme yaklasimlarinin uygulanmasina yonelme.
Elastik Ag Modelleri Donemi (1997-2005)
1997–2005GNM ve ANM modellerinin gelistirilmesi. Protein dalgalanmalarinin ve fonksiyonel hareketlerinin basit fiziksel modellerle aciklanmasi. Bu donem Bahar'in dunya capinda taninmasini saglayan cigiracici kesiflerle doludur.
Hesaplamali Biyoloji Liderligi Donemi (2005-gunumuz)
2005–Pittsburgh Universitesi'nde bolum baskanligi, ProDy yaziliminin gelistirilmesi, alosterik mekanizmalar ve ilac hedef kesfinde hesaplamali yontemlerin uygulanmasi. NAS uyeligi ve uluslararasi tanirliligi.
Kamusal Faaliyetler
Uzmanlık Alanları & Kavramlar
Uzmanlık Alanları
Temel Kavramlar
Toplam 5 eser · Kronolojik sıralama (yeniden eskiye)
2020'ler
2010'ler
Akademik Makaleler
Direct evaluation of thermal fluctuations in proteins using a single-parameter harmonic potential
Gaussian Dynamics of Folded Proteins
Anisotropy of fluctuation dynamics of proteins with an elastic network model
ProDy: Protein Dynamics Inferred from Theory and Experiments
Global dynamics of proteins: Bridging between structure and function
Coarse-grained normal mode analysis in structural biology
Allosteric transitions of supramolecular systems explored by network models: Application to chaperonin GroEL
Structure-encoded global motions and their role in mediating protein-substrate interactions
Akademik Görevler
John K. Vries Kursulu Profesoru (Distinguished Professor) — Pittsburgh Universitesi
Bolum Baskani — Pittsburgh Universitesi
Ogretim Uyesi — Bogazici Universitesi
Ödüller
Ulusal Bilimler Akademisi Uyeligi (NAS)
ABD'nin en prestijli bilim akademisi uyeligi.
Biophysical Society Distinguished Service Award
Biyofizik alanindaki ustun hizmet ve katkilari icin verilen odul.
APS Fellow
Fizik alanindaki onemli katkilar icin seckin uyelik.
TUBITAK Bilim Tesvik Odulu
Turkiye Bilimsel ve Teknolojik Arastirma Kurumu tarafindan verilen bilim tesvik odulu.
Kurumsal Roller
Bas Editor — Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics
Protein bilimi alaninin onde gelen dergisinin bas editorlugunu uzun yillar yurutmustur.
Bolum Baskani — Pittsburgh Universitesi Hesaplamali ve Sistem Biyolojisi Bolumu
2012 yilindan itibaren bolum baskanligi gorevini ustlenmistir.
Zaman Çizelgesi
Istanbul'da dunyaya geldi
Bogazici Universitesi Kimya Muhendisligi Bolumu'nden lisans derecesiyle mezun oldu
Bogazici Universitesi'nde polimer fizikokinetigi alaninda doktora derecesini aldi
Gauss Ag Modeli'ni (GNM) gelistirerek protein dalgalanmalarinin elastik ag teorisiyle modellenmesinin temellerini atti
Anizotropik Ag Modeli'ni (ANM) gelistirerek protein hareketlerinin yonsel analizini mumkun kildi
Pittsburgh Universitesi Hesaplamali ve Sistem Biyolojisi Bolumu'ne profesor olarak katildi
ProDy yazilim kutuphanesini yayimladi; protein dinamigi analizinde standart bir arac haline geldi
Pittsburgh Universitesi Hesaplamali ve Sistem Biyolojisi Bolumu baskanligi gorevini ustlendi
ABD Ulusal Bilimler Akademisi'ne (NAS) uye secildi
Biophysical Society Distinguished Service Award aldi
Entelektüel Gelişim Dönemleri
Polimer Fizikokinetigi Donemi (1980-1995)
1980–1995Bogazici Universitesi'nde polimer termodinamigi ve istatistiksel mekanik uzerine calismalar. Biyolojik makromoleküllere fiziksel modelleme yaklasimlarinin uygulanmasina yonelme.
Elastik Ag Modelleri Donemi (1997-2005)
1997–2005GNM ve ANM modellerinin gelistirilmesi. Protein dalgalanmalarinin ve fonksiyonel hareketlerinin basit fiziksel modellerle aciklanmasi. Bu donem Bahar'in dunya capinda taninmasini saglayan cigiracici kesiflerle doludur.
Hesaplamali Biyoloji Liderligi Donemi (2005-gunumuz)
2005–Pittsburgh Universitesi'nde bolum baskanligi, ProDy yaziliminin gelistirilmesi, alosterik mekanizmalar ve ilac hedef kesfinde hesaplamali yontemlerin uygulanmasi. NAS uyeligi ve uluslararasi tanirliligi.
Üretim Dönemleri
Erken Kariyer ve Polimer Donemi
Polimer termodinamigi ve biyomolekuler modelleme uzerine temel arastirmalar.
Elastik Ag Modelleri ve Yogun Yayin Donemi
GNM, ANM ve normal mod analizi uzerine cigiracici yayinlar. Alanin standart referanslarinin olusturulmasi.
Olgunluk ve Liderlik Donemi
Bolum baskanligi, editoryal liderlik, ilac tasarimi ve alosterikte hesaplamali yontemler. NAS uyeligi.
Alıntılar
"Proteinler duragan yapilar degildir; suredici hareketleri onlarin fonksiyonunun anahtaridir."
"Basit modeller bazen en derin gercekleri ortaya cikarir. GNM'nin gucu, karmasikligi sadelestirebilmesindedir."
"Hesaplamali biyoloji, deneyle teori arasindaki kopruyu kurar. Bu kopru olmadan modern biyoloji eksik kalir."
"Bir proteinin yapisi onun ne yapabilecegini soyler, ama dinamigi onun gercekte ne yaptigini anlatir."
Kaynakça
Ivet Bahar, A.R. Atilgan, B. Erman, Direct evaluation of thermal fluctuations in proteins using a single-parameter harmonic potential (1997). Folding and Design .
Ivet Bahar, A.R. Atilgan, M.C. Demirel, B. Erman, Gaussian Dynamics of Folded Proteins (1997). Physical Review Letters .
A.R. Atilgan, S.R. Durell, R.L. Jernigan, M.C. Demirel, O. Keskin, I. Bahar, Anisotropy of fluctuation dynamics of proteins with an elastic network model (2001). Biophysical Journal .
Ivet Bahar, Qiang Cui (Eds.), Normal Mode Analysis: Theory and Applications to Biological and Chemical Systems (2006). Chapman & Hall/CRC Press .
University of Pittsburgh, Ivet Bahar Lab - Research Overview .
Kaynağa Git →National Academy of Sciences, Ivet Bahar - Member Profile .
Kaynağa Git →Vikipedi, Ivet Bahar .
Kaynağa Git →Bu sayfada bir hata mı var?
Hata Bildir